Balitbangtan Kembangkan PGPI, Basis Data Genom Pertama di Indonesia
Pilarpertanian - Pilar Pertanian – Basis Data Genomik sudah cukup banyak disajikan oleh berbagai Institusi Penelitian dan Pengembangan (Iitbang) di luar negeri, namun tidak halnya di Indonesia. Untuk itu Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian (Balitbangtan) membuat data genomika dari komoditas pertanian Indonesia dalam sebuah wadah bernama Pusat Genom Pertanian Indonesia (PGPI).
PGPI merupakan basis data genom pertama di Indonesia yang menyajikan informasi berupa hasil analisis re-sekuensing genom, analisis de novo, analisis transkriptom, dan genome-wide genotyping. Cakupan komoditas yang tersedia diantaranya tanaman palma (kelapa, kelapa sawit, aren), tanaman industri (jarak pagar dan kakao), tanaman hortikultura (cabai, kentang, pisang), tanaman pangan (padi, jagung, kedelai) dan hewan/ternak (sapi).
Seluruh data tersebut dapat dengan mudah diakses masyarakat melalui situs web http://genom.litbang.pertanian.go.id.
“Situs web PGPI ini mulai online dan dapat diakses publik pada 1 Oktober 2015 dan telah mendapat hak cipta dari Kemenkumkam pada April 2018,” ujar Peneliti Balitbangtan, Hakim Kurniawan dalam kegiatan Sosialisasi Pusat Genom Pertanian Indonesia di Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian (BB Biogen), Jumat (8/11/2019).
Menurut Hakim, PGPI merupakan pelopor dalam berbagi data di bidang genomika, khususnya untuk sumber daya genetik unik Indonesia, atau yang sering dimanfaatkan dalam program pemuliaan di Indonesia.
“PGPI ini juga dilengkapi help desk yang membantu para pengguna untuk berkonsultasi terkait penelitian genomika maupun aplikasi informasi di PGPI,” kata Hakim.
Terdapat dua komponen utama yang terdapat di situs web PGPI, yakni pangkalan data atau database dan penjelajah genom atau genome browser. Database berisi variasi primer seperti SNP, SSR, InDel dan SNAP, sementara genome browser berisi aplikasi dengan interface grafis untuk menampilkan data genomik serta visual dari keseluruhan genom beserta data bernotasi misalnya struktur gen, protein, ekspresi, variasi, regulasi dan analisis komparatif.
Hingga saat ini, terdapat 11 institusi litbang domestik dan luar negeri telah bergabung dan berkontribusi dalam PGPI, diataranya BB Biogen, Balit Palma, Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Balittri, Balitsa, Balitbu Tropika, Balai Penelitian Ternak, Lolit Sapi Potong, Institut Pertanian Bogor, Seoul National University dan Kasetsart University. (bs)
